IEでは、高さ・横幅を指定していない要素を以下の方法で取得すると「auto」になってしまいます。

$("#target_id").css('height');

そこで、確実にサイズを取得できるのが.width();、.height();です。
（width()、height()でサイズを取得する機能はjQuery1.2から実装されています。）

var w = $("#target_id").width();
var h = $("#target_id").height();

alert("横幅：" + w + "、高さ：" + h);

取得した高さを他の要素に指定してあげれば要素の高さを共通にすることができます。
簡単なことですが、知っていると便利です。